Ярослав САДОВИЙ,
«Урядовий кур’єр»
Вчені з США, Великобританії та Австралії описали молекулярні механізми, які пояснюють підвищену інфекційність так званого британського штаму коронавірусу SARS-CoV-2. Результати дослідження опублікують на сайті препринтів bioRxiv.
Варіант коронавірусу SARS-CoV-2 B.1.1.7 спочатку виявили в Англії восени минулого року. Він швидко поширився не тільки у Великобританії, а й за її межами, ставши у багатьох країнах Європи домінуючим штамом.
З’ясувалося, що британський штам коронавірусу передається легше, й поширюється так швидко, що система охорони здоров'я в багатьох країнах світу не була готова до такого розвитку подій.
Нині у британського штаму є 29 мутацій щодо оригінального варіанту Wuhan – все вказує на те, що новий штам мутує набагато швидше, ніж вважалося.
Деякі мутації, виявлені в нового штаму коронавірусу, допомагають патогену зв'язуватися з рецепторами клітин-господарів. Тобто, штам B.1.1.7 може бути більш небезпечним (як мінімум – більш вірулентним), ніж класичний коронавірус, до того ж, існують побоювання, що B.1.1.7 здатний ухилятися від вже створених вакцин проти COVID-19.
Для того, щоб з'ясувати, як мутації штаму B.1.1.7 впливають на темпи поширення і тяжкість перебігу коронавірусу, вчені зробили комплексне комп'ютерне моделювання. Дослідження показало, що швидкість передачі британського штаму на 70% вища, а кількість репродукцій на 0,4 більше, ніж у класичного «уханьського» коронавірусу. При цьому, множинність мутацій може послабити вірус, що буде проявлятися у вигляді менш тяжкого перебігу хвороби.
Результати нового дослідження біологів під керівництвом Тушана де Сільви з Університету Шеффілда у Великобританії показали, що підвищена вірусна трансмісивність B.1.1.7 пов'язана зі збільшенням експресії субгеномної РНК (sgRNA). Вчені довели, що білок ORF9, що міститься у великій кількості в sgRNA британського штаму, може регулювати інтерферонову відповідь.
У своїй роботі автори використовували дані геномного секвенування ARTIC Network Oxford Nanopore 4400 позитивних проб SARS-CoV-2 з носоглотки медичних працівників і пацієнтів лікарень, а результати аналізів порівнювали з раніше домінуючим варіантом коронавірусу з Іспанії під назвою B.1.177.
Вчені з'ясували, що варіант B.1.1.7 має підвищену в порівнянні з B.1.177 експресію sgRNA, що викликає серйозні фенотипічні зміни вірусу SARS-CoV-2.
Щоб виключити можливе пояснення змін sgRNA під час інфекції з відмінностями в симптомах, дослідники зібрали інформацію про клінічну картину захворювання з 2327 пацієнтів з підтвердженим COVID-19. Вони виявили невеликі відмінності при появі симптомів інфекції B.1.177 та інфекції B.1.1.7, які, проте, за словами авторів, не вплинули на загальні результати.
Для остаточного підтвердження своїх висновків автори використовували лабораторні варіанти псевдоінфекцій, щоб подивитися, через який час після появи перших симптомів відбуваються генетичні зміни в обох варіантах вірусу.
Інфекція з варіантом B.1.1.7 продемонструвала підвищену експресію sgRNA вже в перший день появи симптомів. Дослідники вважають, що мутації можуть бути викликані рекомбінацією між sgRNA і геномом вірусу, а результат призводить до значного збагачення субгеномної РНК, що містить білок ORF9b. Експресія sgRNA ORF9b в зразках B.1.1.7 у 16 разів перевищувала аналогічне значення у варіанті B.1.17.
Грунтуючись на отриманих результатах, дослідники припускають, що sgRNA, яка містить ORF9b, може опосередковано відповідати на інтерферон, який проявляється під час інфекцій SARS-CoV-2 і викликає більшу інфекційність у варіанті B.1.17.
Автори сподіваються, що визначений ними механізм збільшення передачі британського штаму коронавірусу допоможе медикам і санітарним службам у розробці методів лікування і профілактики коронавірусу.
Днями, вчені в Китаї знайшли найближчого родича SARS-CoV-2. Поки невідомо, де саме виник коронавірус нового типу, проте дослідникам вдалося виявити чотирьох близьких родичів SARS-CoV-2. Їх знайшли завдяки аналізу біологічних рідин 23 видів кажанів з китайської провінції Юньнань.
В ході дослідження молекулярні біологи під керівництвом професора університету Сіднея Едварда Холмса виявили сліди коронавірусів у 40% з понад 400 зразків. Серед них виявили бетакоронавіруси, до яких відноситься SARS-CoV-2. Зокрема, вчені знайшли вірус під назвою RpYN06, який виявився максимально близький до людської версії SARS-CoV-2 за структурою генома. Результати наукової роботи опубліковано в bioRxiv.
Прямим предком коронавірусу нового типу вчені вважають RaTG13, який також схожий з RpYN06. Дослідники вважають, що подальше вивчення коронавирусів кажанів дозволить зрозуміти, яким чином вірус зміг птрапити в організм людини й викликати коронавірусну пандемію.